L'origen de la ciutat va ser el castell de Besalú que ja es troba documentat en el segle X, construït damunt d'un turó on hi ha les restes de l'església de Santa Maria, en l'alta edat mitjana. El traçat actual de la vila no respon fidelment al seu estat original però si que possibilita a grans trets la lectura de la urbanització de l'edat mitjana amb l'existència d'importants edificis: el pont, els banys jueus, l'església del Monestir de Sant Pere de Besalú i Sant Julià, antic hospital de pelegrins, la casa Cornellà, l'església de Sant Vicenç i la Sala gòtica del Palau de la Cúria reial. Besalú deixa veure una estructura arquitectònica i urbanística bastant coherents amb el passat medieval. La importància monumental de Besalú ve donada fonamentalment pel seu gran valor de conjunt, per la seva unitat, que la determina com una de les mostres més importants i singulars dels conjunts medievals de Catalunya.

Besalú va començar a adquirir importància com a capital de comtat independent després de la mort de Guifré el Pilós (902), condició que va perdre en morir Bernat III -gendre de Ramon Berenguer III- sense fills; com a conseqüència, el comtat de Besalú passà a la casa de Barcelona.

Durant la Croada contra la Corona d'Aragó, veient-se forçat a retirar-se de l'Empordà, i desconfiant del Coll de Panissars Felip III de França va intentar prendre la ruta de Besalú, enviant una avançada de 2.000 cavallers i 400 servents per prendre la ciutat on creien que es trobava Pere el Gran. Després d'un primer assalt croat, Asbert de Mediona, el governador de la ciutat fer obrir la porta aquaria per fer entrar seixanta cavallers que foren capturats, per sortir immediatament al front de la guarnició que va derrotar els assetjants, forçant-los a la retirada.

Durant la Guerra dels armanyaguesos, el 1390, fou atacada per les companyies mercenàries de Joan III d'Armagnac i defensada per Bernat IV de Cabrera.

El 1966, fou declarat "Conjunt Històric-Artístic Nacional" pel seu gran valor arquitectònic.

Actualment, Besalú és un atractiu turístic de primer ordre de la província de Girona i de Catalunya i és especialment adequat per passar unes vacances en família. A part del seu propi atractiu propi, Besalú es troba situat en una posició geogràfica ideal per visitar la resta de la part central de la província de Girona i té, a pocs minuts en cotxe, ciutats com Figueres, Olot, Banyoles i la pròpia ciutat de Girona.